樹状細胞ワクチン療法の副作用はその種類によって異なります。基本的には樹状細胞を体の中に戻すことによっておこる重篤な副作用はこれまで報告されていません。

採血時の副作用：樹状細胞ワクチン療法を行う前に、専用の採血装置を用いてアフェレーシス（成分採血）を行い、患者様の血液から樹状細胞のもととなる細胞を取り出しますが、その際、口の回りや手足のしびれなどが起こることがあります。これはアフェレーシス時に用いる、血液を固まりにくくする薬によっておきる血中カルシウム低下によるものですので、カルシウムを補給することで改善します。

治療時の副作用：樹状細胞ワクチン療法のうち自己がん組織樹状細胞ワクチン療法および人工抗原樹状細胞ワクチン療法の場合、発熱また注射部位の発赤を認めることがあります。これら以外に特に心配される副作用は報告されていません。局所樹状細胞ワクチン療法の場合、がんの場所に注射針で直接樹状細胞を注入するため、注射による副作用（合併症）の可能性や発熱や注射部位の炎症による痛みを認める場合がありますが、重篤な副作用はこれまで報告されていません。